В 1912 пострижен в монашество, иеромонах. Во время Великой войны был полковым священником. С 13 декабря 1917 — в братии Александро-Невской Лавры, с 1918 — архимандрит. В 1920—1922 — настоятель собора в городе Ямбурге Петроградской губернии. Подвергался арестам в 1919 и 8 сентября 1921. В 1919 г. первый арест. В 1921 г. – второй: т.н. "Дело Александро-Невской Лавры". 8 октября был приговорён к году принудительных работ с содержанием под стражей в «Крестах». С февраля 1924 — благочинный монастырей и подворий Петроградской епархии.

3 июня 1924 — рукоположение патр. Тихоном во епископа Велижского, викария Полоцкой епархии. К месту служения допущен не был. С декабря 1924 — епископ Яранский, викарий Вятской епархии. Вл. Нектарий был стойким борцом с обновленчеством. В 1925 г., в самый разгар обновленческого движения, он получил приглашение участвовать во Втором обновленческом соборе, на что ответил крайне резко:
«Богомерзкого обновленческого движения отрицаюся и анафематствую оное. Богомерзкий, разбойничий, то есть собор 1923 года в Москве со всеми его постановлениями анафемствую со всеми примкнувшими к сему обновленческому соблазну обещаюсь не имети канонического общения. Православные вятичи! Волк в овечьей шкуре, обновленец архиепископ Иосиф обратился к верующим... Блюдите, православные, како опасно ходите. Дние лукави суть...». В этом же послании он объявил таинства обновленцев недействительными, а их евхаристию – просто хлебом и вином.

Вскоре после этого, 25 мая 1925, арестован в Яранске, осуждён на три года лагерей. Отбывал срок в Соловецком лагере особого назначения. После освобождения в ноябре 1927 отправлен в ссылку в Казань.

Резко выступил против «Декларации» Заместителя Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского). 4 марта 1928 вышел из его юрисдикции, за что был «запрещен» в священнослужении в составе «викторианской» группы непоминающих. Видный деятель катакомбной церкви. Оборудовал в своём доме катакомбный храм. Тайно служил, рукополагал священнослужителей.

«После молитв и долгих размышлений, – пишет Вл. Нектарий, – я прекратил церковное общение с м. Сергием... как вошедшим в блок с антихристом, нарушившим церковные каноны и допустившим равносильное отступничеству от Христа малодушие и хитроумие... Синод же собран из так называемых подмоченных или ссученных епископов. Назначение епископов на кафедры происходит с ведома или одобрения начальника Московского отдела №6. Может ли быть это приемлемо православными людьми, а тем более епископами?.. Надеюсь и верю, что эта церковная нижегородская ярмарка (Сергий носил титул митрополита Нижегородского) под неообновленческим флагом потерпит полное посрамление и православно верующие все уйдут от этой печальной церковной авантюры, затеянной для уничтожения и поругания Церкви Христовой, иже есть столп и утверждение Истины».

Позднее (уже из Казахстана) в одном из посланий пастве писал:

«Наша борьба с митрополитом Сергием, этим поборником большевицкого цезаропапизма, — борьба почтенная, и является борьбой за правду Божию Христову и за св. Церковь Православную, проданную за 30 сребреников безбожникам на поругание, разрушение и ликвидацию. Нам страшен тем Сергий, что его поддерживают грубой силой. Не будь на стороне его правительственного органа ГПУ, то единомышленники его были бы посрамлены. Это подтвердили для меня допросы в ГПУ; народ отошел бы от него как изменника и предателя Христовой Церкви».


В 1929 г. арестован вместе с митр. Иосифом (Петровых) и другими архиереями.


30 августа 1930 был арестован в Казани по делу «Истинно Православной церкви». 5 января 1932 приговорён к 10 годам заключения в лагерь и помещён в Прорвинский лагерь Западно-Казахстанской области. Обвинялся в том, что «осуществлял связь Казанской контрреволюционной организации церковников с церковно-административным и церковно-политическим центрами контрреволюционной организации "ИПЦ" и фактически преобразовал организацию в филиал упоминаемых центров; проводил вербовку в контрреволюционную организацию "Истинные" по г.Казани и ее округу...; имел непосредственную связь с архиепископом Дмитрием Гдовским и с деятелями церковно-политического центра ИПЦ в Москве...». На допросе показал: «Моление в моей квартире-келье происходит по воскресеньям и двунадесятым праздникам, в числе молящихся у меня бывали приезжие из Яранской епархии, не признающие митр.Сергия и его Синод. Я истинный сторонник Патриарха Тихона и готов за него умереть, и стремлюсь быть таковым. А также молящиеся есть постоянные, проживающие в Казани, но сказать кто и фамилии их - я этого не стану, так как считаю это подлостью (предательством), и вообще о своем богослужении говорить не намерен, и с моей стороны этого сказано никогда не будет».

Из заключения продолжал направлять послания своей пастве с резкой критикой деятельности митрополита Сергия. Он понимал апостасийный характер того времени и писал:

«Из истории Церкви Христовой видно – почти все борцы за правду Христову погибли в борьбе, только после смерти их торжествовало то дело Божие, за которое они боролись. Так будет и в нашей борьбе с сергианством. Народ наш стал безразличен к церковным вопросам, а духовенство – это большей частью обрядоисполнители-жрецы, для которых лишь бы было чем кормиться, спокойно жить, а против нас, противников сергианства, не побрезгуют никакими силами, безнравственными мерами, как то: допросами, ложными слухами, подпаиванием водкой горланов на приходских собраниях и прочее. Так, про меня Сергий напечатал: я, якобы, посвятил в попы двоеженца, чего я и во сне не видел.
Словом, наша борьба хотя и свята, но бессильна. Я лично не надеюсь на освобождение, а скорее всего погибну, сгнию в лагерях, утешаясь обетованиями Христовыми. Блаженны изгнани правды ради... Нелегко страдать. Но другого выхода нет, выбора или разделения быть не может. Не колеблитесь, возлюбленные, для вас жизнь – Христос, а смерть – приобретение. Что нам делать? Как нам быть? Вопрошаете меня, ревнители Православия, лишенные своих пастырей и не могущие из-за чуткости совести молиться в сергианских храмах. Вполне понятны страдания ваших душ. Жить без церковной молитвы – это великое бедствие для верующих, а теперь ведь много городов и сел, где нет храмов, а если и есть, то обновленческие или сергианские. Объединяйтесь в мелкие группы и молитесь по домам, пойте церковные песнопения, читайте слово Божие, творите посильно милостыню, погребайте умерших без сергианских попов. Св. Тайны принимайте лишь от истинных пастырей, а таковых вы всегда найдете с помощью Божией».

Расстрелян 8 сент. 1937 в Гурьеве по приговору «тройки».